其实，经历代学者考证，明成祖的生母不是马皇后 。 明成祖的生母问题，不只是关系到他的身世，而且深刻地影响到他一生的行为 。
2.碽妃所生
有野史记载碽妃就是朱棣生母，并且正史之中也能找到应对此项推测的证据 。 明末何乔远之《闽书》、谈迁之《国榷》、《国史异考》、李清之《三垣笔记》中都记载过，根据是明汪宗元撰《南京太常寺志》 。 《南京太常寺志》中确实写明，朱棣的母亲是碽妃，而孝陵神位的摆布为左一位李淑妃，生太子朱标、秦王、晋王（根据史料，李淑妃不可能是太子朱标生母），右一位碽妃，生成祖朱棣 。 近人傅斯年、朱希祖、吴晗等也皆主此说 。
3.元妃说、高丽妃说
另外的说法有元妃说、高丽妃说 。 明王世懋著《窥天外乘》记：“成祖皇帝为高皇后第四子甚明，而野史尚谓是元主妃所生 。 ”清萨囊彻辰撰《蒙古源流》则说成祖是元主妃洪吉喇氏所生 。 “先是蒙古托兖特穆尔乌哈噶图汗（元顺帝）岁次戊申，汉人朱葛诺延年25岁，袭取大都城，即汗位，称为大明朱洪武汗 。 其乌哈噶呼图汗之第三福晋系洪吉喇特托克托太女，名格呼勒德哈屯，怀孕七月，洪武汗纳之 。 越三月，是岁戊申生一男 。 ……”说得神乎其神，似乎确有其事 。 刘献廷在《广阳杂记》中说：“明成祖非马后子也 。 其母翁氏，蒙古人，以其为元顺帝之妃，故隐其事，宫中别有庙，藏神主，世世祀之，不关宗伯 。 有司礼太监为彭恭庵言之 。 余少每闻燕主故老为此说，今始信焉 。 “近人傅斯年所见的明人笔记，则以成祖为元顺帝高丽妃所遗之子 。
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