这时，哥白尼站了出来，向备受天主教廷推崇的地心说发起挑战 。 他用大半生的时间写出《天体运行论》一书，用日心说来解释天体运动 。 只是哥白尼预计自己会遭到迫害，直到去世那天著作才成功出版 。
事实证明哥白尼的预测是对的，著名学者布鲁诺就是因为宣传日心说，最后被烧死在了罗马广场上 。
伽利略：地球毕竟是在动的
布鲁诺死后，到了17世纪，一位著名的科学家——伽利略也表明自己相信日心说 。
伽利略认为数学是自然的语言，要解释自然现象，必须用到数学语言，而不是哲学思辨语言 。 为此，他用自己发明的望远镜观测木星的卫星，通过大量的实验数据，证明了日心说原理上的正确性 。
只可惜，尽管罗马教廷承认伽利略的观测结果，却坚决不肯承认日心说，还对伽利略进行了审判 。 在三次审判后，宗教法庭认为伽利略违背了“圣经教义”，判处他终身监禁 。 布鲁洛的悲惨下场刺痛了伽利略，也给他留下了阴影 。 最终，伽利略还是选择了屈服 。
在罗马教廷的逼迫下，伽利略写下了“悔过书”，然而据说在他走出法庭时，仍然在喃喃自语：“地球毕竟是在动的！”
天空立法者——开普勒
伽利略为科学的探索方法带来了进步，可是宇宙体系的问题依然没有得到解决 。 同时期，天文学家第谷提出了新的宇宙体系，认为太阳和月亮围绕地球运动，其他行星围绕太阳运动 。 可是这种方案显然也将问题复杂化了 。
第谷的学生开普勒通过更精密的观测，选择了相信日心说，还总结出了著名的天体运动三定律 。 这当中很重要的一点就是指出行星的运动轨迹是椭圆，而非哥白尼所认为的正圆 。 开普勒在天文学上取得了一些真正的成就，这使得他被称为“天空立法者” 。
笛卡尔的“以太论”
笛卡尔是一位了不起的数学家，但他的理论却给物理学带来了困难 。
笛卡尔相信哥白尼的日心说，可他不愿相信世间存在真空，因为“自然讨厌真空” 。 他和他的追随者始终强调宇宙间存在一种看不见摸不着，却又实际存在的物质——以太 。 以太和现代物理学中“场”的概念很相似，可它在那时仅仅只是思辨的产物，不能解决实际问题 。
笛卡尔认为宇宙间充满了以太，太阳在旋转时，周围的以太形成了旋涡，旋涡推动其他行星运动 。 想象一下，我们往锅内注满水，在中心放上一个小球，当小球旋转时，周围的旋涡的旋转速度应该是相同的 。 可实际上的天体运动并非如此，所以笛卡尔的宇宙体系虽然富有想象力，却有巨大的败笔 。
苹果的故事牛顿出生时，笛卡尔的宇宙学说已经成为了欧洲的标准学说，几乎所有大学都在教授这种学说，包括牛顿就读的剑桥大学三一学院 。 牛顿在学习笛卡尔的学说时，就已经发现了它的问题，摧毁这个庞大的体系也就成为了牛顿接下来二十年的奋斗目标 。
在1665年，英国爆发了鼠疫，剑桥大学师生被疏散，二十三岁的牛顿回到了家乡 。 传说在这段时间，牛顿一次正在苹果树下读书，被掉落的苹果砸到了脑袋，这促使他思考苹果为什么会向下掉，最终发现了万有引力定律 。
不过，在牛顿在世时，从未有其他学者听牛顿讲过这个故事 。 我们今天之所以津津乐道于这个故事，离不开法国文学家伏尔泰的功劳 。
1727年，牛顿去世，英国为他举行了国葬，将他安葬于威斯敏斯特教堂，这里历来是王公贵族的墓地，牛顿成为了第一个安息于此的科学家 。 出殡那天，为牛顿抬棺的是两位公爵、三位伯爵、一位大法官，街头站满了为他送行的普通民众 。推荐阅读
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