元至正15年（1355）， 刘福通起兵反元， 拥韩林儿在亳州称帝， 建
“宋”政权， 以亳州为国都 。 至此亳州正式成为
“三朝”古都之地 。
明朝初年亳州一度为县， 属颍州 。 弘治9年（1496）， 又升县为州 。
清初亳州属安徽布政使司直辖 。 1864年清廷镇压捻军后， 析亳州、宿州、蒙城、阜阳、各一部设涡阳县 。
1912年国民政府降亳州为亳县， 由省直辖 。
1964年， 国务院决定从阜阳、涡阳、蒙城、凤台各划出一部成立利辛县 。
1986年国务院决定撤销亳县建制， 设立亳州市（县级） 。
1998年收归省直辖（副地级） 。
2000年5月正式设立地级亳州市， 下辖涡阳、蒙城、利辛三县和谯城区 。 市政府驻谯城区 。
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