气功作为中医学的一个分支，在理论上主要以中医理论为基础，在创编功法和气功锻炼中也应用阴阳、五行、脏腑、经络、精气神等学说作指导；对气功锻炼产生的效应及气功作用机制等认识，到目前为止，也主要以中医理论来阐述 。 当然，由于自古以来，气功实践不只为医家独有，儒、道、佛、武等各家在各自不同的实践中，分别对气功形成了自己的认识，也构成了气功理论的一部分 。
气功实践的结果也为中医学提供了新的内容，如明代医学家李时珍、张景岳等分别对奇经八脉和丹田命门理论的系统阐发，在很大程度上是建立在气功实践的基础上的 。 气功强调对意念的运用，是对中医调神理论和情志学说的补充和发展 。 掌握了气功心身同练的特点，有助于深入理解中医“形神合一”、“天人合一”的整体观，而气功作用机制的探讨，亦有益于对中医“气化论”、“精气神”理论和脏腑心理相关性等的深入认识 。 发掘整理气功与药物配合应用，气功针灸、气功按摩等传统治疗方法也可提高临床疗效、开拓新的治疗途径 。
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