原子在分子中的成键情形与空间排列：分子结构对物质的物理与化学性质有决定性的关系 。 最简单的分子是氢分子 ， 1克氢气包含1023个以上的氢分子 。 一个水分子中2个氢原子都连接到一个中心氧原子上 ， 所成键角是104.5° 。 分子中原子的空
阿司匹林分子渗透模型
阿司匹林分子渗透模型
间关系不是固定的 ， 除了分子本身在气体和液体中的平动外 ， 分子结构中的各部分也都处于连续的运动中 。 因此分子结构与温度有关 。 分子所处的状态（固态、液态、气态、溶解在溶液中或吸附在表面上）不同 ， 分子的精确尺寸也不同 。
因尚无真正适用的分子结构理论 ， 复杂分子的细致结构不能预言 ， 只能从实验测得 。 量子力学认为 ， 原子中的轨道电子具有波动性 ， 用数学方法处理电子驻波（原子轨道）就能确定原子间或原子团间键的形成方式 。 原子中的电子轨道在空间重叠愈多 ， 形成的键愈稳定 。 量子力学方法是建立在实验数据和近似的数学运算（由高速电子计算机进行运算）相结合的基础上的 ， 对简单的体系才是精确的 ， 例如对水分子形状的预言 。 另一种理论是把分子看成一个静电平衡体系：电子和原子核的引力倾向于最大 ， 电子间的斥力倾向于最小 ， 各原子核和相邻原子中电子的引力也是很重要的 。 为了使负电中心的斥力减至最小 ， 体系尽可能对称的排列 ， 所以当体系有2个电子对时 ， 它们呈线型排列（180°）；有3个电子对时呈三角平面排列 ， 键角120° 。
分子的键
分子的键有三种极限类型 ， 即离子键、共价键和金属键 。 定位于2个原子之间的键称为定域键 。 由多个原子的共有电子形成的多中心键称为离域键 。 此外还有过渡类型的键：键电子偏向一方的共价键称为极性键 ， 由一方提供成键电子的键称为配位键 。 通过这些类型的键把原子按一定的空间排列结合成分子 ， 形成分子的构型和构象 。 例如碳是共享电子对键（共价键）的基本参加者 ， 碳和氢二种元素的原子可形成烃类化合物 ， 正四面体构的CH4是其中最简单的烃 ， 还可形成环状化合物 ， 例如环己烷；硅和氧是矿物质的基本元素 ， 云母和石英都含有硅氧单元 。 金属原子被夹在烃环平面中间构成夹心化合物 。 蛋白质的基本成分是一端接碱性基 ， 一端接酸性基的二官能分子α-氨基酸 。 化学组成和分子量相同但分子结构不同的物质互称为异构体 。 当2 种异构体其他性质相同 ， 只是旋光方向相反 ， 这一类异构体称作旋光异构体 。 可用X射线等衍射法、各种光谱、波谱、能谱和质谱法等测定或推测分子的结构 。
分子的特性
1.分子之间有间隔 。 例如：取50毫升酒精和50毫升水 ， 混合之后 ， 体积小于100毫升 。
2.一切构成物质的分子都在永不停息地做无规则的运动 。 温度越高 ， 分子扩散越快 ， 固、液、气中 ， 气体扩散最快 。 由于分子的运动跟温度有关 ， 所以这种运动叫做分子的热运动 。 例如：天气热时衣服容易晒干
3.一般分子直径的数量级为10^-10m 。
4.分子很小 ， 但有一定的体积和质量 。
5.同种物质的分子性质相同 ， 不同种物质的分子性质不同 。
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